Deux commandements organiques :

 LES FORCES DE HAUTE MER 
 
 1ère escadre BREST
 2ème escadre TOULON
 6ème escadre ORAN

 LES FORCES DE REGION

 Prémar 1 CHERBOURG
 Prémar 2 BREST
 Prémar 3 TOULON
 Prémar 4 BIZERTE

Sont sous commandement région, tous les sous-marins en :

•  Réparations
•  Armement , réserve et disponibilité
•  Les mouilleurs de mines,
•  Les sous marins de 2ème classe ainsi que la CEPSM et l’ENSM. 

L’ensemble des divisions de sous marins de même classe formait une escadrille, et plusieurs escadrilles formaient une flottille.
 
 Numérotation :

•  Les divisions de 1.500 tonnes reçurent : les n° de 1 à 18
•  Les divisions de 1.100 tonnes reçurent : les n° de 9 à 10
•  Les divisions de 600 tonnes reçurent : les n° de 11 à 19
•  Les divisions de mouilleurs de mines de 760 tonnes : les n° de 20 à 21

Le 22 février 1939, les marques distinctives des sous marins sont modifiées, remplacées par des chiffres rouges :

 Le 1er chiffre ou numéro indiquant la division,
 Le dernier chiffre le rang du sous marin dans la division.

 Exemple :

 VENUS N° 152 15ème DSM 2ème sous marin de 600 tonnes
 ARCHIMEDE N° 64 6ème DSM 4ème sous marin de 1500 tonnes

A TOULON

les forces de haute mer basées au Mourillon comprenaient :

 Les 1ère, 3ème et 5ème DSM de 1.500 tonnes formant la 3ème escadrille
 Les 13ème et 15ème DSM de 600 tonnes formant la 5ème escadrille

les forces dépendant de Prémar 3 comprenaient :

 La 7ème DSM (2 SM de 1.500 tonnes) - 19ème DSM (4 SM de 600 tonnes) - 21ème DSM (2 SM de 750 tonnes).
 Le centre de Missiessy comprenant :
 L’école de navigation sous marine (ENSM),
 La Commission d’études pratiques des sous marins (CEPSM),
 

A la signature de l’armistice, peu de sous-marins disponibles sont à TOULON beaucoup sur les côtes africaines de la méditerranée et de l’atlantique.